ด่านศุลกากรมุกดาหาร มีด่านพรมแดนถาวร 2 แห่ง คือ ด่านพรมแดนมุกดาหาร สะพานมิตรภาพไทย-ลาว แห่งที่ 2  และ ด่านพรมแดนท่าเทียบเรือเทศบาล ซึ่งตั้งอยู่ ณ อาคารท่าเทียบเรือเทศบาล ถนนสองนางสถิต ตำบลในเมือง จังหวัดมุกดาหาร  และด่านฯ มีเขตพื้นที่ความรับผิดชอบครอบคลุมพื้นที่  3 จังหวัด คือ จ.มุกดาหาร จ.กาฬสินธุ์ และ จ.มหาสารคาม